Cieľom Náboženského atlasu Slovenska je priniesť v komplexnej forme informácie o náboženskej štruktúre Slovenska za posledných 160 rokov. Atlas je obsahovo rozdelený na tri základné časti. Prvá časť je venovaná vývinu záujmu dobových bádateľov o náboženskú štruktúru obyvateľstva Slovenska od konca 18. po začiatok 21. storočia.
Prináša základné informácie najmä o topografických lexikónoch, ktoré vznikali koncom 18. a v prvej polovici 19. storočia. Druhá časť atlasu je venovaná kartografickému zobrazeniu náboženskej štruktúry obyvateľstva Slovenska. Obsahuje mapy s kartograficky spracovanými údajmi zo sčítaní obyvateľstva z rokov 1851 až 2011, spolu 14 sčítaní. Na väčších mapách je zobrazená náboženská štruktúra Slovenska na úrovni obcí, na menších mapách je zachytená náboženská štruktúra na úrovni miest a okresov. Výsledky sčítania za celé územie Slovenska sú prezentované na samostatnom štruktúrovanom kruhovom grafe. Mapy a graf sprevádza krátky informačný text obsahujúci základné informácie o sčítaní obyvateľstva, na podklade výsledkov ktorého mapy vznikli. Posledná, tretia časť atlasu je zameraná na zhodnotenie zmien konfesionálnej štruktúry na našom území od počiatkov výskytu kresťanstva a židovstva s detailnejším pohľadom na vývoj v rokoch 1869 až 2011. Údaje o početnosti najvýznamnejších konfesií sú z každého sčítania v moderných dejinách prezentované na úrovni okresov v záverečnej časti atlasu.