Jadrová vojna zničila civilizáciu na Zemi v podobe, ako ju poznáme dnes. Prežilo iba niekoľko desiatok tisíc ľudí, ktorí sa utiahli do moskovského metra, aby sa zachránili pred rádioaktívnym žiarením na povrchu. Napriek vyhubeniu podstatnej časti ľudstva sa obyvatelia metra nedokázali zjednotiť a okrem túžby prežiť si priniesli aj bremeno zastaraných ideológií. Podzemný svet sa tak podľa vzoru bývalej civilizácie rozdelil na akési novodobé štáty. Ekonomickým centrom metra je Hanza, známa svojím obchodníckym duchom. Intelektuáli si našli miesto v Polise. Nechýbajú ani komunisti zjednotení v Červenej linke a fašisti zoskupení v Ríši. Odveké nepriateľstvo dvoch hlavných ideológií privedie metro na pokraj občianskej vojny a ľudstvu hrozí zánik.
Ale sú naozaj jediní, kto prežil apokalypsu? Mladý záchranca metra Arťom sa nemôže zmieriť s faktom, že nikde inde na svete už nežijú ľudia. Pokračuje vo výpravách na povrch a pokúša sa zachytiť signál z akéhokoľvek kúta zemegule. Pomaly stráca nádej, keď do jeho neúspešného hľadania zasiahne náhoda. Od starého spisovateľa Homéra sa dozvie o cudzincoch, ktorí vraj z povrchu prišli do metra. Arťomovi viac netreba a vydáva sa na cestu naprieč metrom, aby zistil, či sú správy o prišelcoch zvonku pravdivé. Počas putovania odhalí sprisahanie, ktoré otrasie základmi jeho presvedčenia, a zistí, že aj svet metra má svoje sivé eminencie manipulujúce životmi bežných ľudí.
